Percorrendo Via Bertani, si sale dalla Piazza Indipendenza alla Chiesa Santo Spirito, che si erge, insieme all'ex convento francescano, sulla cima del colle nella parte più alta della città, caratterizzandone lo sky-line.
La chiesa è stata costruita dal duca Giacomo I Bonanno Colonna e la moglie Donna Antonia Balsamo, nel 1633.
L'attuale edificio sorge su una preesistente chiesa appartenuta alla Confraternita SS. Salvatore ed innalzata, secondo una tradizione purtroppo non verificabile, su una chiesetta normanna edificata dall'allora vescovo di Agrigento, S. Gerlando di Basançon.
I Frati Minori Francescani, dopo esserne venuti in possesso nel 1633, decisero di riedificarla affidandone i lavori a Frà Antonio Nocera, artefice dell'apertura del convento di Canicattì.
La facciata risale all'ultimo quarto del Settecento: ritmata da un doppio ordine di paraste è interamente in pietra arenaria, il cui caldo colore contrasta con il bianco della pietra dei portali.
Sopra i due laterali si trovano altrettante nicchie che ospitano statue in ceramica maiolicate, raffiguranti rispettivamente S. Francesco d'Assisi e S. Antonio da Padova.
Al centro un balcone sovrasta il portone. Il secondo ordine è caratterizzato da tre aperture sormontate da timpano.
L'interno ha un'impostazione longitudinale a tre navate, che si concludono in cappelle quadrangolari sormontate da cupole.
Originariamente presentava tredici altari.
Le navate, separate da pilastri, sono coperte da volte a botte, arricchite da stucchi settecenteschi; la navata di sinistra ne è priva, perché ricostruita nella metà del XX secolo, dopo un crollo.
Sulla volta della navata centrale Giuseppe Tresca da Sciacca ha affrescato nel 1770 tre grandi riquadri raffiguranti, rispettivamente dall'ingresso, Santi Francescani, B. M. V. delle Grazie e Santi e l'Estasi di S. Francesco.
Alle colonne, entro cornici ovali in stucco, sono collocate le quattordici stazioni della Via Crucis, dipinte su lastre d'ardesia.
Nella chiesa sono conservate alcune significative opere d'arte.
Nella navata destra si trova una tela dipinta dalla bottega di Domenico Provenzani con SS. Trinità, B. M. V. ed Anime del Purgatorio - replica della più nota tela dipinta dal pittore palmese per la chiesa del Purgatorio in Raffadali - una statua marmorea del 1649 raffigurante B. M. V. delle Grazie, che reca ancora tracce della policromia originaria, ed una statua lignea di S. Francesco d'Assisi, del palermitano Vincenzo Genovese.
Nella cappella di fondo è sistemato un Crocifisso ligneo degli inizi del Settecento, oggetto di grande devozione nel quartiere e nell'intera città la festa del 3 Maggio raccoglie un gran numero di fedeli e di turisti.
Il cappellone centrale, sormontato da una cupola, dall'estradosso rivestito da piastrelle maiolicate, è sovrastato dalla Gloria dello Spirito Santo in stucco.
Nella parete destra è murata una lastra marmorea cinquecentesca raffigurante una Pietà, probabile ed unica testimonianza di un monumento funebre, oggi scomparso.
Un'imponente sedia di legno dorato con tre sgabelli analoghi completa il corredo dell'area presbiterale.
Nella navata sinistra sono conservate le statue lignee di S. Antonio di Padova e di S. Diego.
In legno è anche il simulacro dell'Immacolata, realizzata nel 1865 da Vincenzo Genovese.
Dietro l'altare maggiore, si accede ad un sacello, oggi adibito a sagrestia ed originariamente destinato a sepolcreto dei Bonanno.
Il Convento, trasformato in carcere dopo la soppressione del 1866, è stato restituito ai frati nel 1906.
Esso si sviluppa intorno ad un chiostro con gli archi impostati su pilastri ed è l'unico chiostro conservatosi integro tra i conventi canicattinesi.
Dietro la chiesa, si estende la Contrada Montagna, una delle zone di residenza estiva dei canicattinesi e da cui si può ammirare un ampio panorama sulla città e sul territorio, fin oltre la città di Naro e l'altopiano di Rinazzi.